Hlavním cílem echokardiografie je detekovat 1. přímo zdroj embolizace ( trombus, vegetace, tumor ) nebo 2. strukturální abnormality rizikové jako zdroje tromboembolismu ( dilatace a systolická dysfunkce levé komory, aneurysma levé komory, dilatace a dysfunkce levé síně, mitrální stenosa ). Nejčastějším zdrojem kardiogenní embolizace jsou tromby z ouška levé síně při fibrilaci síní. Spontánní echokontrast a nízké rychlosti proudění v oušku jsou významnými rizikovými faktory. Riziko významně narůstá pokud je přítomna revmatická mitrální stenosa. Vzácnější příčinou embolizace je myxom levé síně. Významná systolická dysfunkce levé komory ( EF < 30% ) a přítomnost lokalizovaného aneurysmatu, podobně jako restriktivní kardiomyopatie jsou významnými potenciálními zdroji systémové embolizace.
U mladých pacientů s cévní mozkovou příhodou / většinou ve formě TIA / je nejčastější příčinou perzistující foramen ovale patens ve spojení s další morfologickou abnormalitou ( hypermobilní mezisíňová přepážka, prominující Eustachova chlopeň, otevřený kanál foramen ovale ). Průkaz těchto abnormalit s detekcí pravo-levého zkratu při kontrastním vyšetření je u pacientů s recidivujícími TIA indikací ke katetrizačnímu uzávěru. Aneurysma mezisíňové přepážky je též potenciálním zdrojem mikroembolizací. Prolaps mitrální chlopně není v současné době považován za rizikový faktor. Degenerativní změny na chlopních, zvláště tzv. Lamblovy výrůstky na aortální chlopni, jsou též možnými příčinami mikroembolizací. U starších pacientů je nutno podrobně též vyšetřit ascendentní aortu, oblouk i proximální část descendentní aorty, zde na atherosklerotických plátech /zvláště v oblouku/ mohou být přítomny vlající tromby. Je zřejmé, že u každého pacienta, kde je zdroj embolizační příhody nejasný, je indikace k podrobnému echokardiografickému vyšetření včetně TEE.
